África en el corazón narra la historia de Diko, un niño camerunés de doce años que vive con su abuelo en la pequeña aldea de Kogle. Diko es huérfano de madre y su padre ha formado otra familia en la cercana ciudad de Poli. Diko ama su aldea, a su abuelo y a su amigo Massandé; el día que este muere se acaba la felicidad infantil de Diko. A partir de este momento, intentará saber cuál es su lugar en el mundo.
Juan es un antropólogo español que se instala una temporada en Kogle. Diko se convertirá en su ayudante, alumno de español y amigo. Cuando muere su abuelo, Diko se refugia cada vez más en Juan. Sueña con irse a Madrid con él. Pero Juan le pide que espere hasta que sea mayor de edad y que, entonces, decida. También le explica que en España las leyes son muy estrictas pero que, en su momento, él le ayudará. Así se lo promete antes de irse. Pero Diko decide no esperar y emprende el viaje a Madrid por su cuenta. El viaje de Diko nos enfrenta a la realidad de los niños solos que luchan por sobrevivir y que son terriblemente utilizados. Diko será niño soldado en Liberia y, en Tánger, entrará en contacto con los patrones de las pateras que trafican con personas. Finalmente, Diko, cruzará el estrecho y conseguirá llegar hasta Madrid y hasta su amigo Juan.